盐胁迫蜜环菌Real-time PCR内参microRNA的筛选

• 作者: 余祺瑞 华中一 周骏辉 杨全 胡启跳 袁媛 黄璐琦
• 来源期刊: 中国实验方剂学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 蜜环菌 盐胁迫 内参miRNA 实时荧光定量聚合酶链式反应
• 年，卷（期）: 2020,（19）
• 所属期刊栏目: 天麻互作微生物研究专题
• 页码范围: 35-42
• 页数: 8页
• 分类号: R284.2|R289|R22|R2-031
• 语种: 中文
• DOI: 10.13422/j.cnki.syfjx.20202062

摘要

目的:在利用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)进行microRNA (miRNA)表达分析的过程中,选择合适的内参miRNA对数据标准化起到重要作用.方法:该文挑选了13个蜜环菌候选miRNA对其前体进行生物信息分析,PMRD预测其前体相似序列,并用RNAfold对候选miRNA前体及其相似序列进行二级结构预测.利用Real-time PCR检测在受盐胁迫前后两种基因型蜜环菌(基因型A,基因型B)miRNA的表达量,并结合geNorm,NormFinder,BestKeeper软件分析其表达稳定性,筛选合适的内参.结果:对候选miRNA的9条前体进行二级结构预测以及特征分析,证明预测的miRNA属于miR家族具有典型的茎-环结构且成熟的miRNA位于其前体的5'或是3'端;geNorm分析表明,基因型A蜜环菌可选择Novel-4*,Novel-9作为内参组合,基因型B可选择Novel-9,Novel-16作为内参组合;NormFinder分析结果显示,Novel-9在基因型A蜜环菌和基因型B蜜环菌中都有较好的稳定性;BestKeeper分析显示Novel-12*在基因型A蜜环菌中稳定性较好,Novel-2*在基因型B蜜环菌中稳定性较好.结论:稳定性最优的内参miRNA为Novel-9,为进一步开展蜜环菌miRNA调控机制研究奠定了基础.