基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法研究

• 作者: 伊娜 刘杰 李鹏 罗爱静 许家祺 闵慧 颜湘茹
• 来源期刊: 计算机与数字工程
• 学科: 工学
• 关键词: 动态蛋白质网络 连接强度 时间片 进化图 精度 鲁棒性
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 算法与分析
• 页码范围: 2539-2543
• 页数: 5页
• 分类号: TP301
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-9722.2020.11.001

摘要

为了解决现有的蛋白质网络构建方法在准确性、鲁棒性等方面的不足,提出了一种基于连接强度的动态蛋白质网络构建算法.首先,基于基因表达均值计算来对所有的蛋白质划分时间片,然后对于拥有相同时间片的蛋白质,采用连接强度来判断它们之间是否存在相互作用关系,进而构建出相应的蛋白质子网.最后,基于进化图来将多个时间片内的子网构建成动态蛋白质网络模型.以DIP数据集和CYC2008数据集为实验对象,利用多种典型的复合物识别算法在文中构建的蛋白质网络上进行测试,结果表明,论文构建的蛋白质网络明显地提高了复合物识别的精度,且鲁棒性较高.