基于GEO数据库分析牙体牙髓炎差异表达基因在其发病机制中的作用

• 作者: 任辉 刘峰 刘淑
• 来源期刊: 中国数字医学
• 学科: 医学
• 关键词: 牙髓炎 生物信息学 GEO数据库 差异基因
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 数据资源管理与利用
• 页码范围: 74-77
• 页数: 4页
• 分类号: R319|TP391
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-7571.2020.09.023

摘要

目的:探讨牙体牙髓炎差异表达基因及其在牙髓炎发病机制中的作用及相关信号通路.方法:系统检索GEO数据库中牙体牙髓炎相关的基因芯片数据集,采用GEO2R软件分析差异基因.对筛选出的差异表达基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,预测潜在功能及信号通路.采用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)筛选出的差异表达基因编码蛋白间的相互作用关系.并用Cytohubba软件鉴定信号通路关键基因.结果:选取了GSE77459数据集为研究对象,共筛选出差异表达基因593个;其中上调表达99个,下调表达494个.功能富集分析显示,上述差异表达基因主要富集于白细胞迁移、炎症应答及免疫反应.信号通路主要富集于TNF信号通路、金黄色葡萄球菌感染途径.593个差异表达基因中STAT3为信号通路的关键基因.结论:牙髓炎牙体组织中存在差异表达基因谱,且差异表达基因大多富集于炎症免疫反应的功能及信号通路,STAT3在牙体牙髓炎发病中可能发挥重要的关键基因作用.