Smoothened沉默胚胎成纤维细胞NIH/3T3的mRNA表达谱分析

• 作者: 刘董剑 崔宏伟 张岩 杨凌 梁亚冰
• 来源期刊: 医学研究杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 小鼠胚胎成纤维细胞 Hedgehog通路 Smoothened mRNA表达谱分析
• 年，卷（期）: 2020,（9）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 46-50,10
• 页数: 6页
• 分类号: R735.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2020.09.011

摘要

目的 探讨通过沉默Smoothened(Smo)基因抑制Hedgehog通路后,小鼠胚胎成纤维细胞NIH/3T3中mRNA表达谱的变化.方法 提取Smo沉默和对照NIH/3T3细胞的总RNA,并进行测序.与对照组比较,分析差异表达的mRNA,通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析和预测这些差异表达mRNA的相关功能.选取差异表达mRNA进行实时定量PCR验证.结果 通过测序在Smo沉默的NIH/3T3细胞中发现有2289个mR-NA差异表达,其中1646个mRNA在Smo沉默后表达下调,而643个mRNA表达上调.荧光实时定量PCR结果与测序结果一致.生物信息学分析显示,差异表达mRNA参与细胞过程、单有机体过程、生物学调节.差异表达mRNA富集在轴突导向(ko04360)、癌症通路(ko05200)、癌症中的microRNA(ko05206)等通路.利用GEPIA数据库分析CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10及其受体在食管癌和正常食管组织中的表达情况,和预后的预测分析.结论 在NIH/3T3细胞中沉默Smo抑制Hedge-hog通路可能会通过细胞因子CXCL12、IL-33、TGF-β2和FGF10影响肿瘤细胞的增殖.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	崔宏伟		33	87	5.0	7.0
2	张岩		5	13	2.0	3.0
3	杨凌		11	7	2.0	2.0
4	梁亚冰		4	0	0.0	0.0
5	刘董剑		1	0	0.0	0.0