毛竹微型颠倒重复序列的鉴定及分子标记开发

• 作者: 虞莹玉 汤定钦 周明兵
• 来源期刊: 中国细胞生物学学报
• 关键词: 毛竹 微型反向重复转座元件 基因组 转座子
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文|RESEARCH PAPERS
• 页码范围: 273-283
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.11844/cjcb.2021.02.0001

摘要

MITEs(miniature inverted-repeat transposable elements)又称颠倒重复序列,是缺少转座酶序列的非自主型转座子,在真核生物基因组含量丰富,是基因组多态性形成的重要驱动力之一.该研究利用MITE Tracker软件,在毛竹(Phyllostachys edulis)新版基因组中鉴定到1 579个MITEs家族,共包括18 373个全长MITEs,占毛竹基因组的0.34％,被归入到7个超家族.超家族的插入时间跨度为0.5～16.5 mya,其中有3个超家族在2～4 mya经历过一次扩增事件;2个超家族分别在1～2 mya和3～5 mya经历两次扩增事件;2个超家族在0.5～16.5 mya经历一次长期扩增.MITEs偏好插入基因或基因附近,且Micron-like超家族偏好插入ATT与ATA之间.该研究开发了3个分子标记,可从12份雷竹变种变型材料中鉴定出4份.综上所述,该文主要分析了毛竹基因组中MITEs的分布、进化及插入情况,并获得了3对可以区分雷竹变种变型的分子标记,为下一步验证MITEs功能奠定基础.