控制高粱分蘖与主茎株高一致性的基因定位

• 作者: 王瑞 凌亮 詹鹏杰 于纪珍 楚建强 平俊爱 张福耀
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 高粱 分蘖与主茎株高一致 SLAF SNP
• 年，卷（期）: 2021,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 829-838
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.84111

摘要

用分蘖与主茎株高一致的高粱品系K35-Y5与分蘖明显高于主茎的高粱恢复系1383杂交，F1自交获得F2分离群体，构建两混池，采用BSA(bulkedsegregationanalysis)和SLAF(specificlengthamplifiedfragmentsequencing)技术将高粱分蘖与主茎株高一致基因定位。遗传分析表明，分蘖与主茎株高一致性状由1对隐性核基因控制。参考已公布高粱基因组设计酶切方案，构建SLAF文库并测序。对高粱参考基因组序列进行电子酶切预测，确定限制性内切酶为RsaI+HaeIII，酶切片段长度为364~414bp;测序Q30为91.70%，GC含量为45.79%，达到测序要求;与水稻的测序数据相比，高粱的双端比对效率为93.35%，酶切效率为90.60%，SLAF建库正常。共获得30.80Mreads，开发出133，246个SLAF标签，再通过分析SLAF标签的多态性，检测到319，428个SNP位点。利用SNP-index法和Euclideandistance法及取两者交集进行关联分析，最后得到一个关联区域，位于第9染色体上的54，788，026~56，740，873区间内，关联区域长度1.95Mb。分析关联区域内的基因在2个亲本之间SNP，对这些SNP进行变异的注释，发现4个非同义突变的SNP。经验证，这4个SNP位点和分蘖与主茎株高一致性状相关。对应到Sobic.009G197901.1、Sobic.009G213300.1和Sobic.009G221200.1三个基因上，这些基因可能是与性状直接相关的功能基因。