肺腺癌差异基因的生物信息学研究

• 作者: 兰宏伟 李娜 赵若晗 马微
• 来源期刊: 牡丹江医学院学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肺腺癌 生物信息学 差异基因 GEO TCGA
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 43-49
• 页数: 7页
• 分类号: R734.2
• 语种: 中文

摘要

目的 通过生物信息学筛选出肺腺癌中的差异基因,为肺腺癌分子生物研究和生物标志物筛选提供理论依据.方法 从GEO数据库中选择编号为GSE118370及GSE116959的基因芯片,在TCGA数据库中选择肺腺癌的转录组数据,分别通过R语言下载、整理并筛选出差异表达基因(Differentially expressed genes,DEG).通过在线工具STRING得到DEG的蛋白互作(Protein-protein interation,PPI)网络,利用Cytoscape软件得到枢纽基因(hub基因);Oncomine数据库分析hub基因在肿瘤中的总体表达情况,GEPIA数据库验证hub基因在肺腺癌中的表达.cBioPortal数据库分析hub基因在结肠癌中的突变情况,Kaplan-Meier Plotter数据分析hub基因与肺腺癌预后之间的关系.结果 通过3个数据集取交集后共筛选出肺腺癌DEG 185个,其中表达下调DEG有152个,表达上调DEG有33个.通过STRING、Cytoscape得到了DEG的PPI网络并筛选出了hub基因,通过对排名靠前的血小板和内皮细胞粘附分子1(Platelet And Endothelial Cell Adhesion Molecule 1,PECAM1)、血管性血友病因子(Von Willebrand Factor,VWF)、小凹蛋白1(Caveolin 1,CAV1)及TEK受体酪氨酸激酶(TEK Receptor Tyrosine Kinase,TEK)4个hub基因的进一步分析,最终验证了PECAM1等4个基因在肺腺癌中低表达,且发现PECAM1等4个基因在肺腺癌中突变率较低,并与肺腺癌患者预后密切相关.结论 本研究通过生物信息学分析得到了肺腺癌的差异基因,并认为PECAM1、VWF、CAV1、TEK可能作为评估肺腺癌预后的生物标志物.