基于基因组学分析Pseudoalteromonas paragorgicola GHS18菌株产絮凝活性物质基础

• 作者: 王玉霞 崔霞 周海军 穆军
• 来源期刊: 浙江海洋大学学报（自然科学版）
• 关键词: 菲律宾蛤仔黏附污泥 产絮凝剂菌 基因组测序 Pseudoalteromonas paragorgicola 胞外多糖
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 页码范围: 101-108
• 页数: 8页
• 分类号: X703.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1008-830X.2021.02.002

摘要

从天然生物絮凝剂资源菲律宾蛤仔黏附污泥中分离获得1株新的高絮凝活性菌株GHS18,絮凝率为75.1%.综合序列比对和生理生化特征结果,GHS18被鉴定为Pseudoalteromonas paragorgicola.通过Illumina测序平台对菌株GHS18进行全基因组框架扫描测序,基于基因组的分子水平来探索菌株GHS18产絮凝活性物质的基础.生物信息学分析结果表明菌株主要参与淀粉、蔗糖、果糖、甘露糖、半乳糖、氨基糖、核苷酸糖、肽聚糖、脂多糖的生物合成与代谢,具有絮凝多糖合成途径中重要的前体底物(UDP-Glucose、GDP-mannose和UDP-glucuronate)和重复寡糖单元(UDP-Gal、dNTP-D-Glu、dNTP-L-Rham、UDP-3-O-(3-acetyl)-GlcNAc),将重复寡糖单元聚合成多糖的eps基因簇并未发现,推测其具有类似的基因簇代替行使功能.本研究为未来开发该菌株为发酵产品提供了一定的理论依据,也为更进一步的研究奠定了基础.