未分化型甲状腺癌差异表达基因的生物信息学分析

• 作者: 陈妹妹 梁瑜祯 李争明 夏宁
• 来源期刊: 广西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 未分化型甲状腺癌 生物信息学 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 84-89
• 页数: 6页
• 分类号: R736.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2021.01.013

摘要

目的:运用生物信息学方法筛选未分化型甲状腺癌(ATC)的关键基因及其信号通路,探讨其致癌机制.方法:从GEO数据库下载GSE85457、GSE65144和GSE53072基因芯片.利用GEO2R分析工具筛选出ATC的差异表达基因,通过韦恩图分析工具获得共同差异表达基因.利用DAVID数据库和STRING分析工具对共同差异表达基因进行GO功能、KEGG富集分析和构建蛋白质相互作用(PPI)网络.利用Cytoscape软件筛选出关键基因,DAVID进行GO功能、KEGG富集分析,并应用UC-SC数据库构建层次聚类图和UALCAN数据库对关键基因进行生存分析.结果:共获得328个共同差异表达基因,其中上调基因有103个,下调基因有225个,富集分析显示共同差异表达基因主要富集在金属离子结合、信号转导、氧化还原过程和神经营养素信号通路等.共筛选出19个关键基因,富集分析显示关键基因主要富集在蛋白结合和细胞周期.层次聚类图结果显示,PAX6和FMOD在肿瘤组织中低表达,而CDC6和NEK2在肿瘤组织中高表达.结论:运用生物信息学技术筛选出与ATC相关的靶基因及其信号通路,可能有望成为ATC诊断和治疗的潜在靶点.