基于生物信息学筛选、分析和验证骨肉瘤差异基因

• 作者: 郭良煜 余铃 陈敬腾 龚长天 施玉博 郭卫春
• 来源期刊: 肿瘤预防与治疗
• 关键词: 骨肉瘤 生物信息学 基因 差异表达
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 临床研究|Clinical Research
• 页码范围: 228-233
• 页数: 6页
• 分类号: R738.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0904.2021.03.007

摘要

目的:采用生物信息学的方法筛选出骨肉瘤差异基因,并探讨其与骨肉瘤发生的关系.方法:从GEO数据库中下载符合标准的数据集,用GEO2R进行差异分析,随后用DAVID进行Gene Ontology(GO)富集分析和Kyoto En-cyclopedia of Genes and Genomes通路分析,随后利用STRING数据库和Cytoscape软件做蛋白相互作用图,用插件Cy-tohubb以Degree为标准筛选差异基因,最后将得到的基因用HCMDB数据库进行验证.结果:从GSE36001和GSE12865中共筛选出421个差异基因,其中有187个基因是上调基因,234个基因是下调基因.GO分析的结果显示在生物进程方面,差异基因参与的生物学过程有激活蛋白激酶活性和正性调控肽基酪氨酸磷酸化;分子功能方面,差异基因的功能有调控蛋白的结合和肝素结合;细胞成分方面,差异基因存在于胞外外泌体和突触前膜中;信号通路方面,差异基因参与了Rap1信号通路的调控.此外,用Cytohubb筛选出排名前5的基因:SMAD2、CD44、CX-CL12、UBE2D3和KEAP1.最终用HCMDB数据库进行验证,发现CD44、CXCL12、UBE2D3和KEAP1在骨肉瘤中均下调.结论:在骨肉瘤中下调的CD44、CXCL12、UBE2 D3和KEAP1可能与骨肉瘤的发生发展有关.