加权基因共表达网络分析鉴定阻塞性睡眠呼吸暂停的关键基因

• 作者: 曹媛媛 蔡昕添 汪思敏 洪静 努尔古丽·买买提 李南方
• 来源期刊: 医学研究杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 加权基因共表达网络分析 阻塞性睡眠呼吸暂停 关键基因
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 66-71
• 页数: 6页
• 分类号: R766
• 语种: 中文
• DOI: 10.11969/j.issn.1673-548X.2021.01.015

摘要

目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定阻塞性睡眠呼吸暂停(OSA)相关的共表达基因模块与关键基因.方法 从GEO数据库中下载OSA的全基因组表达数据集GSE135917,R语言对数据归一化处理后,利用WGCNA法构建共表达网络,结合临床信息识别与OSA显著相关的模块,利用Cytoscape软件对关键模块内基因进行功能富集分析、蛋白相互作用分析,可视化筛选关键基因,最后在GSE38792数据集中初步验证关键基因.结果 在GSE135917数据集中Turquoise模块与OSA相关性最高(r=-0.98,P=0.000),模块内基因主要富集于嗅觉传导、神经活性配体-受体相互作用等生物学过程.经蛋白相互作用分析发现关键基因为下调基因SLC2A2、PRL、SST,GSE38792数据集中关键基因表达情况与GSE135917分析结果 一致,ROC分析显示3个关键基因均具有良好的识别能力.结论 利用WGCNA法筛选出的3个关键基因有望为研究OSA的发生、发展过程提供新的视角.