加权基因共表达网络分析鉴定间质性肺疾病关键节点基因

• 作者: 何志义 易晓菲 马南
• 来源期刊: 广西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 加权基因共表达网络分析 间质性肺疾病
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 29-36
• 页数: 8页
• 分类号: R563.9
• 字数: 3506字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16190/j.cnki.45-1211/r.2020.01.004

摘要

目的:通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定间质性肺疾病(ILD)相关的基因模块与关键基因.方法:从基因表达综合数据库(GEO)中下载包含ILD模型及ILD患者的表达谱(GSE32539)数据集.利用R软件包做数据归一化处理;对归一化后的数据集用WGCNA算法进行模块化分析,根据临床信息筛选相关性较高的模块,利用Cytoscape软件筛选hub基因,并构建ILD相关hub基因的加权共表达网络.结果:使用WGCNA计算得出27个基因模块,其中与临床表型相关性较高的模块为black模块,从该模块中筛选出19个hub基因:NOX4、STOX1、NOS1、SP140L、DYNLT3、KRT16P2、NOTCH3、PGM3、NPC1、NOP2、ADM、NOTCH4、KIAA0930、NPAT、SLFN11、NOVA2、MUC13、NOVA1、HIST1H3I.KEGG富集结果显示,hub基因的功能富集主要集中于Notch信号通路、背腹轴形成、内分泌抵抗、甲状腺激素信号途径、参与癌症的microRNA、代谢等.结论:使用WGCNA方法鉴定ILD关键节点基因有望为研究ILD的发病机制提供新的思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	何志义		111	755	14.0	22.0
2	马南		5	5	2.0	2.0
3	易晓菲		1	0	0.0	0.0