加权重基因共表达网络分析识别慢性肾脏病足细胞损伤关键节点基因MAGI2

• 作者: 唐伯玉 李娟 李永刚 梁森林 沈剑箫 王万鹏 蒯巧林 陈皓瑜 高甄典
• 来源期刊: 中国现代医学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 生物信息学 加权基因共表达网络分析 慢性肾脏病 足细胞 膜相关鸟苷酸激酶转化蛋白2
• 年，卷（期）: 2018,（24）
• 所属期刊栏目: 基础研究·论著
• 页码范围: 6-12
• 页数: 7页
• 分类号: Q-33
• 字数: 3674字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-8982.2018.24.002

摘要

目的 通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别慢性肾脏病(CKD)足细胞损伤相关的基因模块与关键基因.方法 从基因表达综合数据库(GEO)中下载包含足细胞损伤体外模型及CKD患者肾小球组份的表达谱GSE66107、GSE93798、GSE30528、GSE325914个数据集.利用R软件包做数据预处理并选取错误发现率(FDR)<0.05及差异倍数≥1.5作为差异表达基因(DEG);结合数据集GSE993395(133例CKD患者肾小球样本)用WGCNA进行模块化分析并对模块内基因进行功能注释(GO),根据GO结果和含有文献报道的足细胞标准基因(PSG)情况确定足细胞损伤相关模块,根据模块内基因连接度(Kwithin)挑选枢纽(hub)基因;利用Cytoscape软件及插件Cluego构建足细胞损伤相关模块基因的加权共表达网络.结果 4个数据集共得到趋势一致的DEG 7957个,其中15个DEG在4个数据集中均有差异(coDEG).GSE993395中包含的4031个DEG被用于WGCNA分析;最终得到12个基因模块,其中green模块包含最多的coDEG和PSG,进一步通过Kwithin发现其中同时作为coDEG和PSG的MAGI2基因是其hub基因之一.结论WGCNA表达网络分析方法是一个高效的系统生物学方法,应用该方法发现CKD时关键节点基因MAGI2在足细胞损伤中可能起到重要作用.