利用加权基因共表达网络分析构建食管腺癌预后枢纽基因网络

• 作者: 何焕钟 张建斌 沈亮 童国俊 陈超
• 来源期刊: 浙江医学
• 关键词: 食管腺癌 加权基因共表达网络分析 预后
• 年，卷（期）: 2019,（20）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 2181-2184,前插3
• 页数: 5页
• 字数: 3151字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12056/j.issn.1006-2785.2019.41.20.2019-1701

摘要

目的 利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建食管腺癌预后枢纽基因网络,筛选与食管腺癌预后相关的枢纽基因.方法 提取癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中食管腺癌的标本数据,利用WGCNA匹配基因表达数据与临床预后数据,构建食管腺癌的基因共表达网络模块,并筛选出与预后最相关的模块和枢纽基因,再根据共表达权重系数大小在Cytoscape软件中进行可视化.结果 共获得9例正常食管组织和78例食管腺癌的标本,其中男67例,女11例;年龄28.0～86.6[68.4(58.0,77.1)]岁;TNM分期:Ⅰ期10例,ⅡA期9例,ⅡB期16例,Ⅲ期33例,Ⅳ期10例.共筛选得到的多个模块中深蓝色模块与预后最相关,在深蓝色模块中识别出19个枢纽基因(PAQR8、MAMDC4、CEP44、SCRG1、UGT2B15、NUDT9、FOLH1、SFTPB、FBXO8、TENM1、CASR、NEB、SMIM19、SLC20A2、RNF170、SCN2A、GOLIM4、ICK、DNAH2),并构建了枢纽基因的共表达网络.其中基因间共表达权重系数最大的3对基因分别是FOLH1和SCRG1、FOLH1和UGT2B15、FOLH1和SFTB.结论 利用WGCNA可识别与食管腺癌预后相关的枢纽基因,为食管腺癌的治疗提供新靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张建斌	湖州市中心医院胸外科	16	37	3.0	5.0
2	何焕钟	湖州市中心医院麻醉科	19	61	5.0	7.0
3	沈亮	湖州市中心医院神经外科	5	27	2.0	5.0
4	童国俊	湖州市中心医院精准医学临床研究中心	3	7	2.0	2.0
5	陈超	湖州市中心医院麻醉科	5	5	1.0	2.0