拟环纹豹蛛转录组数据SSR序列特征分析

• 作者: 刘靖 魏俞虹 肖榕
• 来源期刊: 山地农业生物学报
• 关键词: 拟环纹豹蛛 转录组 SSR 重复基元
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 31-37
• 页数: 7页
• 分类号: Q346+.5|Q959.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.15958/j.cnki.sdnyswxb.2021.04.005

摘要

拟环纹豹蛛Pardosa pseudoannulata是稻田害虫重要的自然天敌,在绿色防控中有重要作用.本研究基于拟环纹豹蛛转录组数据,使用微卫星鉴定工具软件(MISA)挖掘和分析其简单序列重复(SSR)位点.结果 表明:拟环纹豹蛛转录组Unigene序列中共检测到6474个SSR位点,平均长度为12.36 bp,分布于4411条Unigene上.单核苷酸重复类型为拟环纹豹蛛转录组SSR位点的主导基序类型,共5025个,占总SSR位点的77.62％;在拟环纹豹蛛转录组序列识别的6474个SSR中共发现了53种重复基元,从单核苷酸到五核苷酸重复基元分别有2种、6种、27种、15种和3种,其中(A/T)基元类型占明显优势,占总SSR的74.44％.拟环纹豹蛛转录组SSR位点丰富,有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为拟环纹豹蛛的遗传多样性分析、功能基因的开发利用等方面的研究奠定基础.