2021年2月深圳市六株境外输入的SARS-CoV-2基因组特征分析

• 作者: 陈龙 房师松 梅树江 冯铁建 邹旋 彭博 孟君 孙颖 吕子全 许文波 赵翔 魏欣仪 李诗敏 朱灿 卢清菊 肖晓亮 夏俊杰 张仁利 何雅青
• 来源期刊: 病毒学报
• 关键词: SARS-CoV-2 B.1.1.7变异株 B.1.351变异株 境外输入 基因组测序
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 新型冠状病毒研究专题论著|Novel Coronavirus Articles
• 页码范围: 515-526
• 页数: 12页
• 分类号: R373.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13242/j.cnki.bingduxuebao.003977

摘要

为了解深圳境外输入的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的遗传特征,本研究对2021年2月六株境外输入的SARS-CoV-2毒株进行了高通量测序与基因组序列分析.测序获得的六株SARS-CoV-2毒株基因组长度分别为29 450 nt、28 936 nt﹑28 875 nt、29 855 nt、29 146 nt 和29 528 nt.根据"Pango lineages"分型法,三个来自肯尼亚、南非和柬埔寨的毒株属于B.1.1.7系(VOC-202012/01),一个来自美国的毒株属于B.1.2系(美国谱系),两个来自南非和肯尼亚的毒株属于B.1.351系(20H/501Y.V2).与武汉毒株Wuhan-Hu-1(NC_045512.2)比较,B.1.1.7系毒株的刺突蛋白(S)中发现了多达10个氨基酸的变异,B.1.2系毒株的S蛋白仅发现一个氨基酸的变异,B.1.351系毒株的S蛋白中发现了多达11个氨基酸的变异.来自柬埔寨的一株B.1.1.7系毒株的S蛋白中发现了三个变异(H69S,V70I与Y144V)与另外两个B.1.1.7系毒株中的变异(H69del,V70del与Y144del)不同.六个毒株在ORF1b上都表现出了 P314L的变异,在S蛋白上都表现出了 D614G的变异.2021年2月深圳输入了传染性更强的B.1.1.7英国变异株和B.1.351南非变异株.境外输入的SARS-CoV-2变异株存在引起本地暴发与流行的风险,需持续对境外输入的SARS-CoV-2毒株进行分子监测.