龙眼DlPSY基因在根和叶中的表达及其生物信息学分析

• 作者: 郑威 孙文文 董学明 张秋颖 于雪飞 陈宁
• 来源期刊: 广西植物
• 关键词: 龙眼 DlPSY基因 生物信息学 基因表达
• 年，卷（期）: 2021,（4）
• 所属期刊栏目: 生理与分子生物学|Physiology and Molecular Biology
• 页码范围: 546-558
• 页数: 13页
• 分类号: Q943
• 语种: 中文
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201906027

摘要

为研究八氢番茄红素合成酶(phytoene synthase)基因在龙眼类胡萝卜素合成途径中的作用机制,该文从龙眼转录组数据中筛选获得一个PSY基因,命名为DlPSY,采用生物信息学方法对龙眼PSY蛋白的一级结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位、亲疏水性、蛋白质二级结构、蛋白质三级结构、卷曲螺旋、蛋白质结合位点、系统进化树、蛋白质互作等进行分析和预测,并同时运用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术对DlPSY基因在龙眼根和叶中的差异表达进行分析.结果表明:龙眼DlPSY基因长度为1260 bp,编码420个氨基酸;生物信息学预测DlPSY蛋白具有Isoprenoid Biosyn C1超家族结构,含有信号肽,为分泌性蛋白,无跨膜结构,是一种可溶性亲水蛋白,定位于膜外;DlPSY蛋白的二级结构主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,具有卷曲螺旋.Ramachandran评估结果表明应用SWISS-MODEL构建的蛋白质三级结构模型可靠,其配体结合位点为344Phe和347Lys.RT-qPCR分析结果表明DlPSY基因在龙眼根和叶中均有表达,叶中表达量高于其在根中的表达量.该研究结果为下一步采用遗传学方法提高龙眼中类胡萝卜素的含量奠定理论基础.