细粒棘球绦虫腺苷酸活化蛋白激酶AMPKα生物信息学分析

• 作者: 颜明智 李锦田 刘辉 库尔班尼沙·阿马洪 吕国栋 赵军
• 来源期刊: 新疆医科大学学报
• 关键词: 细粒棘球绦虫 腺苷酸活化蛋白激酶α 生物信息学分析 分子对接
• 年，卷（期）: 2021,（3）
• 所属期刊栏目: 专题研究|Monographic Research
• 页码范围: 266-273
• 页数: 8页
• 分类号: R383.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.3639/j.issn.1009-5551.2021.03.002

摘要

目的 运用生物信息学方法分析细粒棘球绦虫腺苷酸活化蛋白激酶α(AMP-activated protein kinaseαof Echinococcus granulosus,EgAMPKα)基因序列的结构与功能.方法 通过NCBI蛋白数据库获取EgAMPKα基因序列,利用ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM、Motif Scan、ProtComp 9.0、CDD数据库、SOPMA、DNAStar、Swiss-ModelVerify 3D、ZICN15、Autodock、PyMOL、DNAMAN和MEGA等工具预测分析EgAMPKα基因的相关生物学信息.结果 EgAMPKα具有亲水性,分子量为54705.35 Da,无信号肽位点,无跨膜区域,含有3个糖基化位点,2个cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点,10个酪蛋白激酶II磷酸化位点,3个豆蔻酰化位点,6个蛋白激酶c磷酸化位点.EgAMPKα中存在丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶α亚基的催化结构域、自抑制区域以及负责与β/γ连接的结构域.分子对接结果显示,EgAMPKα的自抑制区域存在药物结合位点.EgAMPKα基因序列与多房棘球绦虫相似性高达99.79％,与其他物种的AMPKα基因相似性为61.32％～84.09％,EgAMPKα与多房棘球绦虫亲缘关系最近,而与人、小鼠等哺乳动物亲缘关系较远.结论 EgAMPKα具有较高的保守性,参与细粒棘球绦虫的能量代谢及发育,有望成为一种新型包虫药物候选靶点.