基于GEO数据库筛选并分析胃癌标志物及其作用

• 作者: 陆汉凌 任旻 唐玉宝 朱云祥
• 来源期刊: 世界最新医学信息文摘（连续型电子期刊）
• 关键词: 胃癌 GEO数据库 差异表达基因 分子标志物
• 年，卷（期）: 2021,（25）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 40-43
• 页数: 4页
• 分类号: R73
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-3141.2021.25.015

摘要

目的 胃癌(Gastric cancer,GC)的发生发展与基因的异常表达息息相关,利用基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)筛选出与胃癌发展相关的标志性基因,并从中了解其具体作用,可以帮助我们对胃癌的早期诊断、治疗及预后提供很大的帮助.方法 从GEO数据库中筛选出与GC相关基因芯片GSE33651、GSE54129,应用GEO2R分别找出两组基因芯片癌组织与正常组织基因差异表达,运用Draw Venn Diagram取交集找到共有差异表达基因.通过STRING输入基因序列,筛选出GC相关核心差异表达基因,对核心差异表达基因与GC预后的关系进行分析.结果 通过分析数据发现,有意义的GC组织共表达差异表达基因共330个,其中上调基因为207个、下调基因为123个.综合筛选出GC相关核心基因12个(FN1、CXCL8、CD44、COL1A1、MMP2、COL1A2、ITGB2、PECAM1、THBS1、ACTB、CXCR4、ITGAM),它们与胃癌患者的生存率明显相关(P<0.01).这些基因主要分布于细胞外泌体、细胞外基质、胞外区域、细胞表面等处,通过参与胶原分解代谢过程、血管生成、细胞粘附、白细胞迁移而发挥作用.结论 通过筛选出的基因可以发现,它们与胃癌的不良预后息息相关,通过分析其作用,可以作为潜在的分子标志物用于胃癌的早期诊断、治疗及预后分析.