多数据库联合分析卵巢癌预后相关基因

• 作者: 王静 苏晓玲 贺海威 王志明 陆楠 徐明娟
• 来源期刊: 第二军医大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 卵巢肿瘤 预后 生物信息学 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2022,（2）
• 所属期刊栏目: 论著|Original article
• 页码范围: 167-173
• 页数: 7页
• 分类号: R737.31
• 语种: 中文
• DOI: 10.16781/j.CN31-2187/R.20211296

摘要

目的 寻找卵巢癌预后的关键基因,为卵巢癌治疗提供新的靶点.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库GSE18520和GSE14407数据集、癌症基因组图谱(TCGA)数据库及基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载卵巢癌相关数据,用R 3.6.2软件limma包进行差异表达基因分析,随后使用R 3.6.2软件clusterProfiler包对差异表达基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.使用STRING数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape软件cytoHubba插件筛选核心基因,利用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库验证核心基因在卵巢癌组织中的表达情况,随后使用Kaplan-Meier Plotter数据库对核心基因进行生存分析.结果 通过GEO数据库GSE18520、GSE14407数据集及TCGA、GTEx数据库共同筛选获得69个差异表达基因,主要富集在ABC转运体、视黄醇代谢及Wnt信号通路.蛋白质-蛋白质相互作用网络分析提示共有9个核心基因,GEPIA数据库分析结果表明这9个基因在卵巢癌中高表达.Kaplan-Meier Plotter数据库分析结果表明,中心体相关蛋白55(CEP55)、序列相似性83家族蛋白成员D(FAM83D)、驱动蛋白家族成员20A(KIF20A)、细胞周期依赖性激酶亚基蛋白2(CKS2)和中心体相关激酶2(NEK2)基因高表达的卵巢癌患者总生存期比低表达的患者缩短,CEP55、FAM83D、KIF20A、叉头框蛋白M1(FOXM1)和TTK蛋白激酶(TTK)基因高表达的患者无进展生存期比低表达的患者缩短.结论 CEP55、FAM83D、KIF20A、CKS2、NEK2、FOXM1和TTK的表达与卵巢癌患者的预后密切相关.