藜芦属药用植物的叶绿体基因组比较分析和系统发育研究

• 作者: 田星 刘莹莹 张颖敏 杨从卫 钱子刚 李国栋
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 藜芦属 叶绿体基因组 高通量测序 序列变异 系统发育
• 年，卷（期）: 2022,（4）
• 所属期刊栏目: 药材与资源|Medicinal Materials
• 页码范围: 1127-1137
• 页数: 11页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2022.04.021

摘要

目的 以藜芦属药用植物蒙自藜芦Veratrum mengtzeanum、大理藜芦V.taliense、狭叶藜芦V.sstenophyllum和毛叶藜芦V.grandiflorum为材料,对其叶绿体基因组进行组装和序列分析.方法 采用高通量测序技术对4种植物叶绿体基因组进行测序,并且使用NOVOPlasty和Geneious R11软件分别组装和注释序列,在此基础上进行基本结构和系统发育分析.结果 藜芦属4种植物叶绿体基因组具有典型的环状四分体结构,全长151 875～153 711 bp,总GC含量37.7％～37.8％.藜芦属叶绿体基因组均注释到135个基因,其中蛋白质编码基因83～84个,rRNA基因8个和tRNA基因38个.通过比较发现,4种植物IR区边界未出现明显的扩张或收缩;毛叶藜芦叶绿体基因组序列较保守,变异位点少;蒙自藜芦、大理藜芦和狭叶藜芦序列变异较大,种间差异较小;此外,在一个大单拷贝区(large single copy region,LSC)和小单拷贝区(small single copy region,SSC)区筛选到13个高变片段.系统发育研究表明,毛叶藜芦与蒙自藜芦、大理藜芦和狭叶藜芦亲缘关系较远,后两者亲缘关系最近.结论 对藜芦属4种植物叶绿体基因组结构和系统发育关系进行了分析,为后续开展分子鉴定及群体遗传学研究提供了数据资料.