基于TCGA和Oncomine数据库子宫内膜癌生物信息学分析

• 作者: 段红桃 潘勇
• 来源期刊: 中国医药导报
• 学科: 医学
• 关键词: TCGA数据库 Oncomine数据库 子宫内膜癌 生物信息学分析 关键基因
• 年，卷（期）: 2022,（6）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 16-20
• 页数: 5页
• 分类号: R737
• 语种: 中文

摘要

目的 通过TCGA和Oncomine数据库对子宫内膜癌进行生物信息学分析,深入挖掘子宫内膜癌发生关键基因.方法 从TCGA数据库中下载子宫内膜癌转录组数据,利用R软件对子宫内膜癌与癌旁正常组织进行比较,获取差异表达基因,进一步通过在线生物信息学工具对差异表达基因进行功能富集分析,并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件对PPI网络进行筛选获取Hub基因.进一步在Oncomine数据库进行meta分析,获取关键基因.结果 共挖掘子宫内膜癌差异表达基因1897个,其中上调1085个,下调812个,进一步对其进行功能富集分析,通过在线生物信息学工具构建PPI网络,前10位Hub基因,分别是CDC20、CCNB1、BUB1、CCNB2、DLGAP5、TPX2、NCAPG、NCAPH、CENPF和CDCA8.通过Oncomine数据库对Hub基因进行meta分析,最终获得5个关键基因分别是BUB1、TPX2、NCAPH、CENPF和CDCA8.结论 基于TCGA和Oncomine数据库,获取子宫内膜癌关键基因,将为子宫内膜癌诊断、治疗及预后的研究提供新的思路.