基于GEO数据库生物信息学方法分析子宫内膜癌相关基因和候选通路

• 作者: 曾婉玲 李素廷 洪莉 王治
• 来源期刊: 吉林大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 生物信息学 子宫内膜癌 差异基因 基因表达汇编芯片数据集
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 804-809
• 页数: 6页
• 分类号: R737.33
• 字数: 3991字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13481/j.1671-587x.20200422

摘要

目的:通过生物信息学方法分析与子宫内膜癌(EC)发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨EC的发病机制和治疗靶点.方法:自公共基因芯片数据库(GEO)下载EC芯片数据集GSE17025和GSE63678,使用GE02R在线分析工具和R软件筛选EC癌组织与癌旁组织的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(G0)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,采用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作网络(PPI)分析,最后采用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并进行模块分析.结果:对芯片数据集GSE17025和GSE63678进行DEGs分析后共获取100个共同上调基因和106个共同下调基因.GO富集分析DEGs主要富集于有丝分裂染色体分离、核分裂和细胞器分裂等生物学过程;KEGG信号通路分析DEGs主要富集于细胞周期、miRNA、p53信号通路和2型糖尿病等信号通路.通过Cytoscape软件分析,PPI网络中细胞分裂周期基因20 (CDC20)、极光激酶A(AURKA)、细胞周期蛋白B1 (CCNB1)、泛素E3连接酶(DTL)、中心体相关蛋白55 (CEP55)、细胞周期蛋白依赖性激酶1(CDK1)、驱动蛋白家族成员11(KIF11)、母体胚胎亮氨酸拉链激酶(M ELK)、细胞周期蛋白B2 (CCNB2)和苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白1 (BUB1)被筛选为关键基因.结论:细胞周期相关基因与通路调控网络的失调可能是EC发病的主要机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	洪莉	武汉大学人民医院妇产科	165	1051	17.0	23.0
2	王治	武汉大学人民医院妇产科	11	41	4.0	6.0
3	李素廷	武汉大学人民医院妇产科	11	15	2.0	3.0
4	曾婉玲	武汉大学人民医院妇产科	5	16	3.0	4.0