不同海拔喜马拉雅旱獭线粒体基因组比较分析

• 作者: 南新营 李优 李耀东
• 来源期刊: 野生动物学报
• 关键词: 喜马拉雅旱獭 线粒体基因组 ND5 Ka/Ks
• 年，卷（期）: 2023,（2）
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.12375/ysdwxb.20220207

摘要

以分布在不同海拔(2279、3273、4452 m)的喜马拉雅旱獭(Marmota himalayana)为供试材料,通过二代测序技术对线粒体基因组序列进行比较分析,挖掘喜马拉雅旱獭低氧适应相关基因.结果表明:不同海拔喜马拉雅旱獭线粒体序列长度之间并无差异,但蛋白质编码基因突变位点个数随海拔增加而增多,ND5基因的突变位点个数和非同义突变位点个数都为最多,其Ka/Ks>1,表明ND5基因存在正选择效应,可作为适应高海拔低氧环境的候选基因.与玉树(海拔4452 m)相比,乐都(海拔2279 m)和黄南(海拔3273 m)的喜马拉雅旱獭亲缘关系相对较近.喜马拉雅旱獭13个蛋白质编码基因的核苷酸序列共编码氨基酸3812个,去掉起始密码子和终止密码子后共编码氨基酸3802个.在20种氨基酸中,Leu的使用率最高,达16.18％,Gys的使用率最低,仅有0.71％.RSCU值>1的密码子有32种,RSCU值<1的密码子有32种,其中AGG的RSCU为0.