人3p24-p25 478 kb完全基因组序列的注释

• 作者: 丁克越 张以琳 沈岩 陈立宏
• 来源期刊: 中国医学科学院学报
• 关键词: 人类基因组计划 基因组注释
• 年，卷（期）: 2002,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 259-263
• 页数: 5页
• 分类号: Q343.1
• 语种: 中文

摘要

目的对我国承担的人类基因组测序项目中的3p24-p25 478kb完全基因组序列进行注释.方法采用从头预测、数据库相似性比较和全长或部分mRNA序列与基因组序列的比对等手段,识别基因组序列中的编码蛋白质的基因,并采用EMBOSS软件包分析基因组序列的组分特征.结果识别出该区域中的两个编码蛋白质的已知基因,即SLC6A1和SLC6A11(其中后者在基因组草图序列中未被定位);对这段基因组序列中组分特征预测分析结果显示,该基因组序列的平均GC含量为47%,并存在3个假想的CpG岛,其中两个CpG岛分别位于130685～131 516 bp及307090～307 870 bp,另一个位于415 585～416 308 bp.结论采用上述方法对基因组序列3p24-p25 478kb进行了正确的注释,揭示了基因组序列中的有关的基因结构、GC含量、CpG岛等信息.