SARS冠状病毒CT基因型发现及相关特征

• 作者: 严菊英 余迎朴AASp 包其郁 卢亦愚 史雯 吴南屏 姚军 姚苹苹 张严峻 朱函坪 李兰娟 李敏红 梅玲玲 汤鋆 沃健尔 王志刚 王晓萌 程苏云 翁景清 葛琼 陆群英 龚黎明
• 来源期刊: 浙江预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 严重急性呼吸综合症(传染性非典型肺炎) 冠状病毒 基因型 多态性
• 年，卷（期）: 2003,（8）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 3-5
• 页数: 3页
• 分类号: R54|C921
• 字数: 2456字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-0931.2003.08.002

摘要

目的研究SARS冠状病毒基因型及相关特征.方法对杭州市首例SARS病人分离的SARS冠状病毒ZJ01株进行全基因组测序,并在GenBank数据库登录.记录号:AY297028,版本号:gi:30910859.整个全基因组由29715bp组成.使用GenBank数据库中最新登陆的SARS病毒的基因组进行序列比对、突变点分析和多态性分析、特殊片段的系统进化分析.结果发现在ZJ01株的9391、17555、21712、22213和27819位点,分别是T、T、G、T和T核苷酸碱基,和GenBank数据库中的其他SARS冠状病毒株比较,除第1、2、4和5突变位点(C:G:C:C/T:T:T:T)之外,发现在21712位点(第3个)A/G突变也参于这一遗传标识.因此我们提出5个突位点将17株病毒分为两种基因型的新概念,即C:G:A:C:C与T:T:G:T:T两型,简称C型和T型.ZJ01病毒株属于T基因型,在中国大陆内地是首次发现和发表.突起蛋白基因片断的进化树分析,广州的GZ01 C基因型株进化距离和其他病毒株相差甚远;比较而言,和C基因型BJ01、CUHK-W1病毒株较为接近,其次是T基因型的F1和F2组.5个突变位点(C:G:A:C:C/T:T:G:T:T)的两个发生在编码突起蛋白(S)的基因中,分别是A/G和C/T突变,由此引起的突起蛋白(S)氨基酸变化是Asp/Gly(天门冬氨酸/甘氨酸)和Thr/Ile(苏氨酸/异亮氨酸).结论这些基因型特征和变异是否会引起生物学及临床症状的差异是非常值得重视的.