再测序DNA微阵列的等长变覆盖探针设计方法

• 作者: 孙啸 方辉 胡弘 谢建明 陆祖宏
• 来源期刊: 东南大学学报(自然科学版)
• 学科: 工学
• 关键词: 探针设计 再测序DNA微阵列 等长变覆盖法 遗传算法
• 年，卷（期）: 2004,（2）
• 页码范围: 215-218
• 页数: 4页
• 分类号: TP391.7
• 字数: 4152字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1001-0505.2004.02.017

摘要

针对再测序DNA微阵列的寡核苷酸探针设计,提出了2种等长变覆盖的方法: ①基于Tm距离的探针优化方法,从冗余探针集中逐步删除具有最大Tm距离的探针;②应用遗传算法,将候选探针集编码为染色体,通过选择、交叉和变异等遗传操作得到最大适应度的探针集.这2种方法,都能在探针长度相等的情况下,通过改变相邻探针之间的覆盖度使探针的Tm值尽可能保持一致.实验结果表明:等长变覆盖法得到的探针集整体优于等长移位法和变长变覆盖法的结果,具有更好的杂交条件一致性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙啸	东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室	71	488	12.0	20.0
2	陆祖宏	东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室	166	1602	19.0	33.0
3	谢建明	东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室	50	187	7.0	10.0
4	胡弘	东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室	2	5	2.0	2.0
5	方辉	东南大学分子与生物分子电子学教育部重点实验室	3	2	1.0	1.0