一种新的蛋白质结构编码方法及其应用

• 作者: 宁岩 王煦法 郑浩然 陈双平
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 编码 熵 序列-结构模式 四肽构象空间
• 年，卷（期）: 2005,（2）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 114-120
• 页数: 7页
• 分类号: Q71
• 字数: 4811字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2005.02.005

摘要

基于四肽构象的可视化聚类的结果,提出了一种新的编码方法,由此可将蛋白质三维构象空间映射到一维编码空间,将蛋白质三维结构空间中的模式搜索和模式发现问题转化为一维编码空间中的相应问题.通过两个算法从模式检索以及模式发现两方面验证了编码的有效性;同时利用熵的概念探讨了序列、结构之间的相关度,得到了一些重要的序列-结构模式.实验结果表明,该编码方法能更加准确地反映四肽构象空间中的分布情况,其结果可解释性更强.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王煦法	中国科学技术大学计算机科学与技术系	191	4142	33.0	58.0
2	陈双平	中国科学技术大学电子工程和信息科学系	10	34	4.0	5.0
3	郑浩然	中国科学技术大学计算机科学与技术系	59	470	10.0	21.0
4	宁岩	中国科学技术大学计算机科学与技术系	5	55	3.0	5.0