结合基因功能分类体系筛选聚类特征基因

• 作者: 刘帅 屠康 徐建震 李永进 李霞 郭政
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因表达谱 聚类 特征选择 结合基因功能分类体系Gene Ontology
• 年，卷（期）: 2005,（3）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 187-194
• 页数: 8页
• 分类号: Q61
• 字数: 6879字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2005.03.004

摘要

使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类.对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点.在此基础上,结合基因功能分类体系(Gene Ontology,GO),进一步筛选聚类的特征基因.通过检验在Gene Ontology中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集,寻找疾病相关功能类,再根据相关功能类中的表达变异基因进行聚类分析.实验结果显示:结合基因功能体系进一步筛选表达变异基因作为聚类特征基因,可以保持或提高聚类准确性,并使得聚类结果具有明确的生物学意义.另外,发现了一些可能和淋巴瘤和白血病相关的基因.