猪戊型肝炎病毒新疆株swCH25全基因序列的分析

• 作者: 陆承平 马勋
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 戊型肝炎病毒 基因型
• 年，卷（期）: 2005,（8）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医
• 页码范围: 1669-1674
• 页数: 6页
• 分类号: S8
• 字数: 4092字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:0578-1752.2005.08.025

摘要

设计1 8对PCR引物分片段扩增猪戊型肝炎病毒新疆分离株swCH25金基因,对两末端采用末端快速扩增方法(RACE)进行扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体并测序.用DNAstar软件进行序列同源性分析,PHYLIP软件绘制基因进化树,在全基因序列的基础上比较猪HEV与其它HEV基因型的差异和人源HEV的关系.结果显示swCH25全序列除去3'poly(A)尾,由7 243个核苷酸组成,ORF 1～3分别编码含1070,674和114个氨基酸的蛋白质.全基因序列与HEV Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型同源性73.5%～75.7%,与Ⅳ型的同源性为83.5%～89.8%,其中与Ⅳ型中国人源T1株最高,达89.8%.ORF1与Ⅰ～Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为71.6%～74%和82.3%～89.4%,氨基酸同源性为80.7%～86.1%和94.3%～96.0%;ORF2与Ⅰ～Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为78.4%～81.3%和87.1%～90.9%,氨基酸同源性为89.7%～93.8%和97.2%～98.2%;ORF3与Ⅰ～Ⅲ和Ⅳ型的核苷酸同源性分别为84.4%～87.3%和95.4%～96.8%,氨基酸同源性为74.8%～83.2%和93.8%～97.4%,基因进化树显示swCH25与基因Ⅳ型人源T1株最接近,在同一分支上.swCH25株是国内第一个测出全基因序列的猪戊型肝炎病毒.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陆承平	南京农业大学农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室	387	5495	37.0	51.0
2	马勋	南京农业大学农业部动物疫病诊断与免疫重点开放实验室	3	103	3.0	3.0