DNA序列分析的高效算法研究及比较

• 作者: 曹兴芹 毛黎明 王仲君
• 来源期刊: 武汉理工大学学报（交通科学与工程版）
• 学科: 数学
• 关键词: BLAST算法 并行计算 DNA序列比对 FFT算法
• 年，卷（期）: 2005,（4）
• 页码范围: 542-545
• 页数: 4页
• 分类号: O246
• 字数: 4248字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3963/j.issn.2095-3844.2005.04.019

摘要

对海量数据的处理,最有效的方法是并行计算.因此,对DNA序列比对进行并行化,以及对BLAST算法进行并行化改进,以提高对大数据量处理的能力.尽管在CLUSTER上的计算效率较超级计算机上的效率低,但CLUSTER较超级计算机费用低,有较大的适用性.而高性能计算机是处理海量数据的强有力的工具,生命科学中计算问题必须进行超级计算已是不争的事实,现代生命科学对超级计算已显示出强烈依赖和迫切需求.文中对BLAST算法进行改进,提出一种局部并行化的DNA序列比对算法,为了检验算法的科学性和适用性,将此算法与超级计算机的高效并行算法--改进的FFT算法相比较及分析.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王仲君	武汉理工大学理学院	39	225	8.0	13.0
5	曹兴芹	华中科技大学计算机科学学院	2	13	2.0	2.0
6	毛黎明	武汉理工大学理学院	2	10	2.0	2.0