我国HIV-1主要流行株外膜蛋白(env)基因V3～V4区变异及其与生物学特性的关系

• 作者: 全宇 冯毅 梁浩 洪坤学 滕涛 赵全壁 邢辉 邵一鸣 陈建平 魏民
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 人类免疫缺陷病毒1型 亚型 生物表型 基因变异
• 年，卷（期）: 2005,（3）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 185-189
• 页数: 5页
• 分类号: R3
• 字数: 4274字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j:issn:0254-5101.2005.03.006

摘要

目的研究我国HIV-1主要流行毒株亚型的env V3～V4区变异与生物学特性的关系. 方法应用nested-PCR对157份获自我国12个省份的HIV-1毒株env区序列进行扩增,并使用ABI 377型测序仪测序,然后应用BLAST、GCG和MEGA等生物学软件或程序对env基因V3～V4区序列进行分析. 结果 B′亚型毒株V3顶端四肽存在着4种类型:GPGR(54%)、GPGQ(28%)、GPGK(16%)和GPGA(2%),B′/C重组毒株全部为GPGQ(100%),CRF01-AE重组毒株呈现GPGQ(95%)和GPGR(5%)两种类型;B′/C和CRF01-AE重组毒株V3～V4区及其临近区域N-糖基化位点比B′亚型毒株N-糖基化位点保守.而B′亚型毒株V3环的净电荷分别显著高于B′/C和CRF01-AE毒株(P<0.01);根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况的结果显示:B′亚型毒株有9.26%可能使用CCR5,7.41%可能使用CXCR4,其余83.33%不能对辅助受体的使用作出预测.所有B′/C重组毒株被预测可能使用CCR5.CRF01-AE重组毒株有90.48%被预测可能使用CCR5,没有被预测为使用CXCR4的序列,9.52%不能作出预测. 结论 B′亚型毒株大部分可能为NSI型,少部分可能为SI型,而B′/C和CRF01-AE重组毒株绝大部分为NSI型.我国主要流行株的V3～V4区尤其是V3环的氨基酸变异可能与病毒生物学功能限制有关.