超级多重基因组序列比对算法

• 作者: 呼广跃 沈世镒
• 来源期刊: 计算机工程与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 多重序列比对 "模代数"理论 后缀树 锚定
• 年，卷（期）: 2005,（27）
• 所属期刊栏目: 博士论坛
• 页码范围: 13-15
• 页数: 3页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 3368字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1002-8331.2005.27.005

摘要

大量同源的长基因组序列的多重比对需要高效率的比对算法.论文开发出一个新的比对工具"超级多重基因组比对"(简称SMGA),该系统是建立在序列突变与比对的"模代数"理论基础上专为长基因组序列的多重比对设计的.SMGA在一台主频2.8G的PC机上完成平均长度约5M的9条有机菌基因组的多重比对的时间大约为35min.论文还使用模拟数据对SMGA的比对精确度做了估计.