一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析

• 作者: 余艳辉 候德富 关勇军 欧阳咏梅 肖志强 贺修胜 陈主初
• 来源期刊: 生命科学研究
• 学科: 医学
• 关键词: 鼻咽癌 表达序列标签 全长cDNA 序列分析
• 年，卷（期）: 2006,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 172-177
• 页数: 6页
• 分类号: R730
• 字数: 4788字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-7847.2006.02.016

摘要

鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressed sequence tag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2 377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.