cDNA微阵列的标准化方法研究

• 作者: 张勤 张纪刚 殷宗俊
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 年，卷（期）: 2006,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 356-359
• 页数: 4页
• 分类号: S184|S188
• 字数: 3624字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2006.03.011

摘要

针对目前通用的cDNA微阵列数据的标准化处理方法(常称为对数比转换法)中存在的缺陷,提出了一种新的cDNA微阵列数据标准化方法-非转换法.该方法利用Huber等(2003)提出的芯片数据分析模型,在对芯片背景进行校正后,根据最小二乘估计原理,通过迭代的方式直接对样品中的基因转录水平进行估计,从而达到数据标准化的目的.利用计算机模拟,比较了在各种条件下(不同的芯片内探针重复数、不同的背景变异程度、不同的差异表达基因上下调比例等)该方法与对数比转换法的优劣.结果表明,在所有条件下,非转换法都优于对数比转化法,由非转换法得到的估计值的相对偏差都在5%以下,而由对数比转化法得到的估计值的相对偏差都在20%以上,而且对数比转化法对背景变异和差异表达基因上下调比例更敏感,随着背景变异程度的增大和差异表达基因上下调比例不对称性的提高,其估计值的偏差急剧上升,而非转换法则基本不受影响.因而非转换法可以作为cDNA微阵列数据标准化的一种替代方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张勤	中国农业大学动物科技学院	89	1003	18.0	29.0
2	殷宗俊	中国农业大学动物科技学院	11	43	4.0	5.0
3	张纪刚	中国农业大学动物科技学院	5	14	3.0	3.0