我国HIV-1 B'亚型毒株gag基因变异特征研究

• 作者: 关琪 司雪峰 张卓然 梁浩 洪坤学 邢辉 邵一鸣 陈健平 马鹏飞 魏民 黄海龙
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: HIV-1 序列分析 基因型 变异(遗传学) 抗原 表位
• 年，卷（期）: 2007,（10）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 923-927
• 页数: 5页
• 分类号: R3
• 字数: 4507字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/j.issn:0254-5101.2007.10.016

摘要

目的 研究我国人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B'亚型主要流行株在宿主免疫压力下的基因变异及抗原表位的变化特征,探讨选择压力、基因离散率和抗原表位变化之间的关系.方法 从确诊的HIV-1感染者的全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增后,将扩增产物进行纯化和测序.然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析,使用GCG软件包的Distance程序对P17和P24两个区段计算基因距离,用Diverge程序计算同义替换(Ks)和非同义替换(Ka)及二者之间的比值,并对我国人群中较常见的HLA型别限制的CTL表位的突变情况进行分析.结果 HIV-1 B'亚型毒株的P17区段的Ks/Ka值＜1,而P24区段的Ks/Ka值＞1;P24部分的基因离散率低于P17部分;P17区段抗原表位的保守率为34.94%,而P24区段抗原表位的保守率为67.38%;从基因离散率、所受的选择压力及抗原表位的突变率3个方面来看,HIV-1的P17区段均明显大于P24区段.结论 HIV-1 B'亚型毒株的P17区段的抗原表位变化较大,而P24区段的抗原表位相对较为保守.提示P24区段的CTL表位更适合于表位疫苗的研制.