从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究

• 作者: 张英汉 李宏滨 杜立新 闫秋良 魏彩虹
• 来源期刊: 西北农林科技大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 绵羊 表达序列分析 微卫星 SSR
• 年，卷（期）: 2007,（11）
• 所属期刊栏目: 动物科学与动物医学
• 页码范围: 15-18,23
• 页数: 5页
• 分类号: S826.2
• 字数: 2633字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1671-9387.2007.11.004

摘要

为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和 SSRFinder软件对绵羊UniGene 数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记.结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%, 其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个.在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%.根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中, 20对引物有扩增产物,且条带清晰,其中有2 对引物在小尾寒羊品种内呈现多态.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张英汉	西北农林科技大学动物科技学院	57	610	15.0	22.0
2	杜立新	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	110	1652	21.0	37.0
3	李宏滨	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	39	938	18.0	30.0
4	闫秋良	西北农林科技大学动物科技学院	4	153	3.0	4.0
6	魏彩虹	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	23	92	7.0	9.0