蛋白质折叠类型识别方法研究

• 作者: 任文科 张玮 徐海松 李晓琴
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 折叠类型识别 结构域 全β类蛋白
• 年，卷（期）: 2008,（1）
• 所属期刊栏目: 理论生物物理
• 页码范围: 65-71
• 页数: 7页
• 分类号: Q6
• 字数: 4037字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-6737.2008.01.010

摘要

蛋白质折叠类型识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.以序列相似性低于25%的822个全B类蛋白为研究对象,提取核心结构二级结构片段及片段问氢键作用信息为折叠类型特征参数,构建全B类蛋白74种折叠类型模板数据库.定义查询蛋白与折叠类型模板间二级结构匹配函数SS、氢键作用势函数BP及打分函数P,P值最小的模板所对应的折叠类型为查询蛋白的折叠类型.从SCOP1.69中随机抽取三组、每组50个全β类蛋白结构域进行预测,分辨精度分别为56%、56%和42%;对Ding等提供的检验集进行预测,总分辨精度为61.5%.结果和比对表明,此方法是一种有效的折叠类型识别方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓琴	北京工业大学生命科学与生物工程学院	28	71	5.0	6.0
2	任文科	北京工业大学生命科学与生物工程学院	3	19	3.0	3.0
3	徐海松	北京工业大学生命科学与生物工程学院	9	39	3.0	5.0
4	张玮	北京工业大学生命科学与生物工程学院	3	46	2.0	3.0