斑点叉尾(鱼回)趋化因子基因SCYA113内含子1的多态性分析

• 作者: 刘卫东 刘星 刘莹 孙凡越 宋文涛 赫崇波 高祥刚
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 斑点叉尾(鱼回) 趋化因子 SCYA113 内含子 单元型 多态性
• 年，卷（期）: 2009,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 462-468
• 页数: 7页
• 分类号: S188
• 字数: 3996字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2009.03.018

摘要

运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(DPAGE)和PCR产物测序技术检测斑点叉尾(鱼回)(Ictalums punctatus)CC趋化因子基因SCYAll3内含子l的序列长度和多态性.在3个群体的60个个体中,斑点叉尾(鱼回)CC趋化SCYA113内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型.对这8种序列进行比对分析发现,斑点又尾(鱼回)SCYA113内含子1长度为395～443 bp.8种长度类型中A、G、T、c的平均百分比分别为30.01%、15.43%、38.37%和16.19%,而且G+C(31.62%)含量明显小于A+T(68.38%)含量.内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列(微卫星序列)TTc和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118(C→T)、209(G→A)和250(T→c),3个颠换位点为266(T→A)、289(G→T)和387(G→C),核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型.97群体中检测到8种长度类型和1O种基因型,04群体中6种长度类型和1O种基因型(缺少A、B等位基因).从3个群体60个个体拥有22种频率较低(O.017～0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾(鱼回)的遗传基因资源较为丰富.