基于拟氨基酸编码方法的同义密码子的偏好性与结合强度的相关性研究

• 作者: 徐振源 朱平 高雷
• 来源期刊: 物理学报
• 学科: 物理学
• 关键词: 拟氨基酸编码方法 同义密码子 偏好 人类基因
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 物理学交叉学科及有关科学技术领域
• 页码范围: 4295-4300
• 页数: 6页
• 分类号: O4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-3290.2009.06.107

摘要

计算了基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的相对使用度,分析了78个人类基因(19967个密码子)中基于拟氨基酸编码方法下的同义密码子的偏好使用情况.石秀凡等的研究结果显示了人类基因中基于基因组基因编码方法下,对同义密码子的选择在所有密码子家族中仍都呈现明显一致的偏好.即偏好使用密码子-反密码子结合作用强的密码子,恰好是以 c结尾的密码子;且避免使用结合作用中度的密码子.依据结果和数据分析,推测人类基因对密码子的选择除了受基因组结构中 isochore和基因签名的影响外,还和密码子-反密码子结合强度密切相关.这些因素共同作用于人类基因,从而在所有密码子家族中都呈现出对同义密码子明显一致的偏好现象.文中则是展示了上述性质在拟氨基酸编码方法下,这些特征不但存在,而且更为明显.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐振源	江南大学理学院	79	731	11.0	25.0
2	高雷	江南大学理学院	8	53	5.0	7.0