人类载脂蛋白B编辑催化多肽-1的生物信息学分析

• 作者: 胡波 胡鹏 覃远汉 鹿玲
• 来源期刊: 现代预防医学
• 学科: 医学
• 关键词: 载脂蛋白B编辑催化多肽 生物信息学 胞苷脱氨酶
• 年，卷（期）: 2009,（20）
• 所属期刊栏目: 实验技术及其应用
• 页码范围: 3933-3936
• 分类号: R34
• 语种: 中文

摘要

[目的]分析人类载脂蛋白B编辑催化多肽-1(Apobec-1)基因及其蛋白质结构,并从理论上预测其理化性质与生理功能.[方法]检索美国国立生物技术信息中心(NCBI)和瑞士生物信息研究所(SWISS-PROT)网站;运用Clustal X软件对Apobec-1与结构相似蛋白质进行多序列同源性比对并构建进化树,TreeView软件观察进化树结构;运用Cn3D软件查看同源蛋白质空间结构模型.[结果](1)Apobec-1基因(GeneID:339)定位于12P13.1,全长18 kb,包含5个外显子;(2)全基因转录产物长度为236 aa,开放阅读框长度为191 aa,多肽链第61、93和96位为Zn2+结合部位,羧基端存在长度为14 aa富含亮氨酸(Leu)的保守序列;(3)Apobec-1分子量为28 173.54,等电点为9.06,半衰期为30 h,疏水性为2.222～4.667,属于细胞内蛋白,存在7个跨膜区域和16个胰酶消化片段,正常成人(>17岁)仅在结肠与直肠表达,病理状态下白血病细胞亦见表达;(4)Apobec-1可使编码ApoB100的第2153位密码子CAA转变成终止密码子UAA,而产生编码ApoB48的mRNA,此外Apobec-1还具有胞苷脱氨酶(CD)活性、水解酶活性和Zn2+结合等功能.[结论]生物信息学方法能够根据Apobec-1基因及其蛋白质结构,预测其理化性质与生理功能,为有目的地开展相关研究提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	鹿玲	安徽医科大学第一附属医院儿科	86	772	16.0	23.0
2	覃远汉	广西医科大学第一附属医院儿科	102	370	10.0	12.0
3	胡波	安徽医科大学第一附属医院儿科	54	316	10.0	15.0
4	胡鹏	安徽医科大学第一附属医院儿科	24	62	4.0	7.0