花粉变应原的分类和相关的进化分析

• 作者: 陈小东 陈臻
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 花粉变应原 蛋白家族 进化分析
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 基础免疫学
• 页码范围: 56-59
• 页数: 4页
• 分类号: R3
• 字数: 3071字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2010.01.015

摘要

目的 分析各种花粉变应原所属的蛋白家族,统计各类蛋白作为变应原出现的次数和在各科植物间的分布情况,结合进化树分析,以了解花粉变应原在自然界分布的一般规律.方法 通过NCBI数据库获取目前已知的所有变应原.用批处理(Batch Entrez)获得全部的氨基酸序列.将每个序列与Pfam数据库比对,以确定各种花粉变应原所属的蛋白家族.对成员众多的Profilin、Ex-pansin家族,应用BLAST搜索变应原的同源序列,获取序列号,Batch Entrez获得全部的氨基酸序列,最后用MEGA4.0软件生成进化树.结果 目前已知的168个花粉变应原,分属于26个蛋白家族.其中,Profilin、pollen_allerg_1和EF hand是3种成员最多的变应原家族,分别有25、20、19种变应原,占总数的38%.10个排名靠前的蛋白家族,变应原数量占总数的79%.在花粉变应原家族中,既有Profilin般分布广泛的,几乎涉及所有的科;也有局限于某科植物的如Ribonuclease、FAD_binding pro-tein、Amb_V、Thaumatin等.通过进化分析可知,各种Profilin变应原高度同源,变应原序列在不同物种间具有高度保守性.禾本科花粉的β-Expansin与无变应原性的Expansin分开进化.结论 通过对花粉变应原的蛋白家族分类,可为变态反应学的基础研究、过敏性疾病的临床诊疗提供参考,并有助于快速发现新的致敏物种和新的变应原.Profilin的高度保守性可能是交叉反应(cross reactivity)发生的主要原因之一.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈小东	复旦大学附属华山医院呼吸科	100	658	15.0	21.0