日本沼虾ITS1序列分析及SNPs位点的筛选

• 作者: 傅洪拓 吴滟 夏德全 张洪伟 王庆 龚永生
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 日本沼虾 rDNA 内转录间隔区 ITS 单核苷酸多态性 SNP
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 页码范围: 72-77
• 页数: 6页
• 分类号: Q781
• 字数: 3244字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1035.2010.00072

摘要

研究采用直接测序法,分析日本沼虾(Macrobrachium nipponense)rDNA基因内转录间隔区ITS1的DNA序列,以筛选日本沼虾SNPs位点.共分析了32个太湖水域野生日本沼虾样本,结果表明,日本沼虾ITS1序列平均长度为1749.8 bp,是迄今已报道的最长的ITS1序列,A、G、T和C的平均含量分别为29.9%、28.3%、27.7%、14.0%,G+C的含量平均为42.3%.通过序列比对,共筛选出22个SNPs位点,SNPs位点出现频率为0.0126,其中9个为C/T转换(占40.91%),4个为A/G转换(占18.18%),2个为A/T颠换(占9.09%),5个为T/G颠换(占22.73%),1个为A/C颠换(占4.55%),1个A/T或C颠换(占4.55%).日本沼虾ITS1序列的22个SNP位点中,21个位点为2个等位基因,1个位点出现了3个等位基因,为复等位基因位点.日本沼虾ITS1序列中还发现3个具有多态性的微卫星位点、1个高度变异区以及大量的缺失、插入.研究首次对日本沼虾ITS1序列进行了分析,并发现了大量的SNP位点,为日本沼虾遗传育种研究提供了新的分子标记.