我国HIV-1 CRF07_BC流行重组毒株Tat蛋白第一外显子CTL表位预测

• 作者: 何翔 吕建新 孟哲峰 廖玲洁 方志明 洪坤学 邢辉 邵一鸣
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 人免疫缺陷病毒 Tat蛋白 变异 表位
• 年，卷（期）: 2010,（2）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 135-139
• 页数: 5页
• 分类号: R3
• 字数: 3202字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2010.02.008

摘要

目的 通过测定和分析我国HIV-1 CRF07_BC毒株Tat蛋白第一外显子的基因序列预测其CTL表位的分布情况.方法 236份来自第3次全国HIV分子流行病学调查中感染CRF07_BC毒株的患者的血浆样本,应用巢式聚合酶链反应(nested-PeR)扩增tat基因第一外显子基因区并测序,使用BIMAS HLA Peptide Binding Predictions在线软件和统计学软件对CTL表位进行预测分析.结果 236份CRF07_BC毒株来自16个省份,主要为静脉吸毒传播(58.9%),其次为性传播(25.0%).236条CRF07_BC Tat蛋白第一外显子区共分布有12种CTL表位,主要分布于脯氨酸富集区、半胱氨酸富集区和疏水核心区,碱性区和谷氨酰胺富集区没有发现已知的CTL表位分布,这些表位主要受5种HLA基因型(A * 2501、A * 2902、B * 15、B * 5301和Cw * 1203)以及6种HLA血清型(B53、B58、B57、A3、A68和Cw12)限制,其中5种表位的单氨基酸变异频率大于50%.结论 我国HIV-1 CRF07_BC毒株Tat蛋白第一外显子CTL表位分布于不同功能区,并且存在氨基酸变异.