胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

• 作者: 于恩燕 吕世军 王丽娜 郑洁
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 医学
• 关键词: 胃癌 癌前病变 生物信息学 功能预测
• 年，卷（期）: 2010,（12）
• 页码范围: 1284-1287
• 分类号: R730.2
• 字数: 3118字
• 语种: 中文

摘要

目的 利用生物信息学方法对新克隆的GP1基因和蛋白序列进行分析,推测其在胃癌发生、发展过程中的作用.方法 以人类基因组数据库为基础,利用Megablast工具和SAGE数据库对GP1进行染色体定位和组织表达分布分析;应用BLAST进行GP1的基因结构分析和相似序列搜索;应用ORF finder对GP1编码的蛋白进行序列预测;应用ProParam、TMPRED等软件分析GP1编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位及结构域等信息.结果 GP1基因全长1 362 bp,其最长开放读码框为801 bp,编码267个氨基酸,相似性搜索发现GP1基因片段与人AF083246基因片段具有很高的相似性(100%).在GP1蛋白上有一个与真核起始因子5C(eIF5C)具有低度同源性的结构域.SAGE结果显示GP1在多种组织中都有表达.RT-PCR验证了基因的组织表达谱.结论 生物信息学的分析表明GP1是一个胃癌相关基因,可能在胃癌的发生发展过程中起一定的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑洁	潍坊医学院病理学教研室	26	73	4.0	7.0
2	吕世军	潍坊医学院病理学教研室	52	195	8.0	11.0
3	王丽娜	潍坊医学院免疫学教研室	28	104	6.0	9.0
4	于恩燕		4	3	1.0	1.0