卵巢癌诊断新基因HELQ的生物信息学分析

• 作者: 张琳 李亚萍 秦勇 邹余粮 黄新
• 来源期刊: 中国妇幼健康研究
• 关键词: HELQ 肿瘤 结构 功能 生物信息学
• 年，卷（期）: 2017,（7）
• 所属期刊栏目: 专题研究
• 页码范围: 781-785
• 页数: 5页
• 分类号: R711.7
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-5293.2017.07.010

摘要

目的 本研究拟采用生物信息学工具分析卵巢癌易感基因HELQ所编码蛋白的结构及结构与功能的关系,并初步探讨其对肿瘤发生的影响.方法 采用ExPASy服务器中的工具分析HELQ蛋白的理化特征;分别采用PSORTⅡ和TMHMM预测HELQ蛋白的亚细胞定位和跨膜拓扑结构;采用SignalP 4.0预测HELQ的信号肽;采用ScanProsite和SMART分析HELQ的功能结构域以及结构域分区,采用PSIPRED和I-TASSER预测HELQ蛋白的二级和三级结构以及配体结合位点;最后采用STRING 10.0预测HELQ与其他蛋白质的交互作用.结果 HELQ主要定位在细胞核(47.8%)和细胞质(39.1%)中,有4个保守结构域DEXDc、HELICc、HHH_5和PRK02362,并包含解旋酶ATP结合区和解旋酶C端结合区两个功能结构域;成功建立了HELQ的二级和三级结构模型,其中二级结构中α螺旋、无规则卷曲及折叠结构比例分别为54.0%、31.0%和6.0%.三维配体结构分析结果可见,HELQ包含一个酶活性中心位点His341,催化Ile333、Lys335、Tyr337、Gln340、Pro360、Thr361、Ser362、Gly363、Gly364、Lys365、Thr366、Leu367、Glu464和Ala711等结合位点与配体ATP结合.交联蛋白质分析发现HELQ可能与RAD51、POLA1、PLON、FANCD2、DHX8等蛋白存在交互作用.结论 HELQ具有ATP依赖性解旋酶活性,参与DNA损伤的修复过程,可能是其低表达时引起卵巢癌等恶性肿瘤发生的机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邹余粮	西安交通大学第一附属医院妇产科	75	291	9.0	13.0
2	秦勇	西安市中心医院普通外科	16	113	6.0	10.0
3	李亚萍	西安市中心医院妇产科	9	27	3.0	4.0
4	张琳	西安市中心医院神经内科	25	118	6.0	9.0
5	黄新	西安市中心医院普通外科	12	42	4.0	5.0