胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能

• 作者: 史娟 张爱东
• 来源期刊: 中国医学科学院学报
• 关键词: 胃癌 癌症基因组图谱数据库 剪接因子 富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 289-296
• 页数: 8页
• 分类号: Q753
• 语种: 中文
• DOI: 10.3881/j.issn.1000-503X.11414

摘要

目的 采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10 (SRSF10)对胃癌细胞表型的影响.方法 通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子.从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响.结果 胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个.挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降.结论 胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用.剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	史娟	中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室	12	20	3.0	3.0
2	张爱东	中国医学科学院北京协和医学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室	2	0	0.0	0.0