烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类

• 作者: 杨硕
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草坏死病毒 三碱基组 概率 K-M 聚类
• 年，卷（期）: 2010,（13）
• 所属期刊栏目: 农业灾害防御
• 页码范围: 6803-6804
• 分类号: S432.4+1
• 字数: 1104字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2010.13.055

摘要

[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征.并且对其进行聚类分析.[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64 种不同三碱基组在S 上出现的概率,得到一个64 维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异.[结果]8个三碱基组(CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG)的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类.[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据.