烟草脉清病毒完整基因组上微卫星分布特性研究

• 作者: 杨纪青
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草脉清病毒 完整基因组 微卫星 分布特性 最优完全子图算法
• 年，卷（期）: 2010,（32）
• 页码范围: 18082-18085
• 分类号: S572
• 字数: 2066字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2010.32.038

摘要

借助MATLAB软件和最优完全子图算法,提取并展示NCBI数据库中烟草脉清病毒完整基因组(NC-003 378.1)上微卫星分布特性.结果表明,计算出了各种1-碱基组～6-碱基组在完整基因组序列上重复出现次数和出现位置,并展示它们的分布规律(指数函数).烟草脉清病毒完整基因组上各种N-碱基组最大的重复出现次数,随N按指数函数数减少;各种N-碱基组重复出现次数由少到多排序的结果,重复出现次数随序号增加.该研究方法可以系统地运用到其他病毒完整基因组序列微卫星分布特性的提取和展示,从而为有效利用微卫星分布特性研究完整基因组的结构和功能、遗传和变异规律提供依据.