多GPU节点下的NAMD测试与分析

• 作者: 刘涛 彭蓉 文高进 桂叶晨
• 来源期刊: 华中科技大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 纳米分子动力学 统一计算架构 图形处理单元 并行计算 非成键作用力
• 年，卷（期）: 2011,（z1）
• 所属期刊栏目: GPU技术
• 页码范围: 106-109
• 分类号: TP302.7
• 语种: 中文

摘要

运用大规模分子动力学并行开源代码NAMD测试了深腾7000 G GPU集群的性能.在配备有Teslac1060与双路4核CPU的节点上,分别对烟草花病毒(STMV),血脂蛋白(ApoA1)与Tiny这3类分子进行了单节点与多节点的测试.测试结果表明:GPU相较于CPU能获得平均2至8倍性能提升,可为大规模分子的模拟提供高性价比的解决方案.然而,多节点下GPU的利用率却有所降低,其并行扩展性能也受到一定限制.另外,一些重要的分子结构构建的指标,如范德华力静止点的值也在一定程度上影响着模拟性能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘涛	中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所	145	871	16.0	22.0
2	文高进	中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所	4	23	2.0	4.0
3	桂叶晨	中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所	2	3	1.0	1.0
4	彭蓉	中国科学院深圳先进技术研究院先进计算与数字工程研究所	2	3	1.0	1.0